Die Pfarrkirche Waldhausen - dem Hl. Johannes dem Täufer geweiht - ist das bedeutendste nachgotische Bauwerk Österreichs und wurde unter Propst Hermann Parthenreuter vom Linzer Baumeister Hiob Eder im Langhaus wesentlich umgestaltet und auf drei Schiffe erweitert (1610 - 1612).
Turm und Presbyterium sind noch älter.

Dass die Kirche wiederholt feindlichen Angriffen ausgesetzt war, zeigt schon das mit Eisen beschlagene Westtor, das von den Hellebardenhieben der Hussiten und den Kugeleinschlägen der Franzosen durchbohrt ist. Der prächtige Hochaltar stammt aus Aurolzmünster und wurde 1957 bei der Restaurierung der Kirche hier aufgestellt. Er ist um 1680 entstanden und stammt aus dem Umkreis von Thomas Schwanenthaler.
Unter der Emopre steht der barocke Taufstein mit reich verziertem Deckel.

Die Orgel, die immer wieder in der Pfarrkirche erklingt, baute 1966 der Kremser Orgelbauer G. Hradetzky.