Die Geschichte des Ortes Waldhausen im Strudengau ist gleichzeitig auch die Geschichte des Stiftes.

Otto von Machland beschloss kurz vor seinem Tod im Jahre 1147 ein zweites Kloster für die Chorherren des Augustinerordens zu errichten.

Die Augustiner Chorherren zogen von der Burg Säbnich längs des Sarmingbaches nordwärts und gründeten auf einem vorspringenden Hügel das zweite Kloster, welches den Namen "Silvia Domus", das Haus im Walde, erhielt. In den folgenden Jahrhunderten war die Geschichte Waldhausens recht schwankend und den Einflüssen der allgemeinen politischen und wirtschaftlichen Lage ausgesetzt.

In der Mitte des 14. Jahrhunderts wirkte der größte Chorherr, den das Stift hervorgebracht hat: "Konrad von Waldhausen" (1320-1369). Er war Prediger am Hof Karls IV in Prag.

Verheerende Folgen hatten die Hussitenkriege für Waldhausen. Im Jahr 1428 wurde das Stift von den Hussiten erobert und gänzlich zerstört. Vier Jahre später wurde das notdürftig aufgebaute Gebäude abermals überrannt und dem Erdboden gleichgemacht. Auch der Markt mit der Kirche wurde niedergebrannt.

Die Glanzzeit erlebte das Stift unter der Regierung von Propst Laurentius Voss (1647-1680). Er begann einen großartigen Neubau. Die Stiftskirche konnte unter seiner Führung noch vollendet werden.

Graf Augustin Ochs von Sonnenau, ein prunkliebender Adeliger, stattete das Stift mit Stuck und Fresken aus. Die Schuldenlast von Graf Augustin war für Kaiser Josef II ein willkommener Anlass die Verwaltung des Stiftes am 3. August 1789 dem Propst von St. Florian zu übergeben, bis das Stift am 22. Februar 1792 gänzlich aufgehoben wurde.

Mit der Aufhebung des Stiftes war es jedoch noch nicht getan, bald folgte ein weiteres, viel größeres Unglück.

Ein Großteil des Stiftes wurde 1800 - 1810 vom österr. Militär geschleift und als Baumaterial zur Ausstattung der Franzensburg nach Laxenburg gebracht. Fast alle Kunstwerke wurden verkauft. Der kostbare Brunnen wanderte in den Prälatenhof des Stiftes Melk.

Auch die Stiftskirche sollte der Spitzhacke zum Opfer fallen. Allein durch die Wertschätzung der Bevölkerung wurde sie gerettet.

Die Besitzungen des Stiftes wurden als Dotationsgut dem Linzer Domkapitel übergeben, das Josef II mit der Gründung der Diozöse Linz (1785) begonnen hatte. Mit Ausnahme der Kirche blieben vom Stift nur der Vorbau mit dem wuchtigen Torturm und dem Granitportal und der hofseitige Arkadengang übrig.

In den folgenden 140 Jahren wurde an beiden Kirchen wenig erneuert und die Gotteshäuser verfielen immer mehr.

Erst nach dem zweiten Weltkrieg setzte unter Pfarrer Moosbauer und später unter Pfarrer Karl Michael Wögerer eine intensive Denkmalpflege ein, welche die Kirchen wieder in ihrem ursprünglichen Glanz erstrahlen ließ.

Im Zuge der OÖ Landesausstellung im Jahr 2002 wurden das bestehende Stiftsgebäude und der Stiftshof renoviert.